Академия медико-технических наук РФ реализует программы научно-практического обмена опытом между врачами и учёными города Севастополя и республики Крым, с одной стороны, и коллегами из Москвы, Санкт-Петербурга и других городов России, с другой стороны. В рамках интеграции предприятий крымского полуострова в единое правовое и экономическое пространство Российской Федерации отделение АМТН РФ по республике Крым и городу-герою Севастополю способствует развитию производственной кооперации с предприятиями-партнёрами России и СНГ.
Одним из актуальных сегодня направлений деятельности АМТН РФ является поиск и привлечение инвестиций в перспективные научные разработки, а также подбор проектов, соответствующих интересам потенциальных инвесторов.